Рилският манастир е ставропигиален манастир, намиращ се в Югозападна България, Област Кюстендил, община Рила. Светата обител отстои на 21 км източно от гр. Рила, на 55 км югоизточно от гр.Дупница(манастирът влиза в границите на Дупнишка духовна околия) и на 111 км югоизточно от столицата София.
 Рилският манастир е един от най-значимите културни паметници в България, символ на несломимия български дух, той е и най-големият манастир в България.
Рилският манастир е построен на красива и достъпна поляна, в дебрите на Рила планина, на 1147 м надм. вис., на неравна тераса на десния склон на дълбокия пролом на Рилска река, до мястото, където в нея се влива пенливата и шумна Друшлявица. Целият застроен манастирски комплекс е разположен върху 45 декара площ.
Началото на строителството на днешния възстановен през XIX в. Рилски манастир започва през 1816 г., в сегашния си вид е от 1834-1860 г., период в който е преизграден след избухването на стихиен пожар през м. Януари 1833 г.

Счита се, че създателят на Рилската обител е  монахът-отшелник  Йоан Рилски (876-946г.),дошъл в дивите горски необятности, сред страшни пущинаци и свирепи зверове, пустинникът прекарва последните дни от живота си именно тук, където мъдростта и словото стават притегателна сила.Тогава,в тези смутни времена израства един изстрадал, но силен по дух труженик на книгата, мисълта и словото. Славата на този властелин на знанието прехвърля пределите на планината и се пръсва надлъж и нашир, самият цар Петър, наследник на Симеон Велики, търси среща и съвет от съвременника си - “Всечестния пустиннослужител отец Иван“. За идните поколиения и за новосформираното монашеско братство, Рилският светец оставя своя „Завет“, в който напътства да водят духовен живот, да се пазят от погубния стремеж за забогатяване, от алчостта и сребролюбието, да не мислят за нищо земно. Заветът на Св.Иван Рислки е написан на 25 март 941 г., на Благовещение. Но като че ли, със смъртта на „отец Иван“ (умира в рилската пещера при днешната „Стара постница“ на 18 август 946 г. - стар стил), се загубват някои мистични негови познания, които не са достигнали до нас, и може би никога не ще станат известни?!
Впоследствие рилският монах-отшелник става една от най-значимите фигури на Средновековието, оказва влияние върху целия източноправославен свят и е почитан като светец под името Йоан Рилски.
Предполага се, че Рилският манастир е построен на мястото на стара постница през 927-941 г. от Йоан Рилски или от негови ученици (според някои автори) в Рила планина.
През Византийското робство основаното от Рилския светец монашеско братство превръща манастира в опора на българското народностно съзнание. След създаването на Второто българско царство мощите на Св. Иван Рилски са пренесени в тогавашната столица Търново като най-важна светиня за българския народ.
През  драматичния XIV в. обновлението на манастира е свързано с името на  Хрельо Драговол, чието феодално владение се е простирало в земите около р. Струма. Сам той , от много севасти (български областни управители през средновековието), е наречен протосеваст - пръв между севастите. Той превръща  манастира в солидно укрепен, внушителен архитектурен ансамбъл, който в същото време удивлява със своята вътрешна архитектура и декорация. Протосеваст Хрельо  е изградил манастира на сегашното му място, състоящ се от сгради за живеене, отбранително съоръжение и еднокорабна църква, от които днес е останала само кулата, която носи името "Хрельова кула". На последния етаж на кулата има малък параклис, богато украсен със стенописи, отличаващи се с голяма художествена стойност и оригинални иконографски качества.
При борбата за византийския престол между император Андроник II и неговия внук Андроник III, сръбският крал Стефан Урош III Дечански(1321-1331 г.) става съюзник на първия,а за началник на войската му той определя Хрельо, защото „..по храброст и военен опит превъзхожда всички измежду останалите знатни сърби“ (по това време западните български земи влизат в пределите на Сърбия, макар и населени изцяло с българско население). Впоследсвие Хрельо се отцепва от сръбския крал и взима страната на младия престолонаследник Андроник III Палеолог. Следват много перипетии, при които благодарение на големия дипломатичен нюх и борбеност на Хрельо, деспотството му се обогатява и разраства значително, но това никак не се харесва на следващия сръбски крал Стефан Душан , и в случая премахването на Хрельо ще освободи сръбския крал от един амбициозен съсед, като при това ще разшири владенията си за сметка на хрельовите. В крайна сметка целта на сърбина е постигната - през една студена и снежна декемврийска нощ на 1342 г. наемно убийци изпратени от Стефан Душан отнемат живота на Хрельо (преди това е бил принудително замонашен под името Харитон). Видният дарител на Рилския манастир е погребан в олтара на издигнатата от него каменна манастирска църква.
Връзките на Рилския манастир с населението през XII-XIV в. нарстват, стават по-чести и постоянни. Осъзнавайки ясно ролята на Рилската обител в борбата за народностно сплотяване, много български владетели я дарявали с привилегии, имоти и средства, скрепявайки ги с дарствени грамоти. През ХIV век манастира е щедро даряван от българските владетели Иван-Александър и Иван Шишман. Дарствената грамота на цар Иван Шишман от 1378 година се пази и до днес. С красиво уставно, тържествено писмо на три пергаментни , слепени един с друг листа от избелена сърнешка кожа, се описва, че Рилската обител остава с просторни владения, облекчена от всякакви феодални тегоби и данъци. Манастирът получава гаранции за обширните си владения в Разложко и Мелнишко, Балгоевградско и Софийско, в Кюстендилско и Дупнишко, редят се низ от имена на села,на реки, езера, местностти, уреден е и най-малкият спорен въпрос.
Дарствената грамота на цар Иван Шишман е по-жизнена и дълголетна от петвековното турско робство, тя запазва интересни и важни сведения за манастира и Втората българска държава в навечерието на най-тежката национална катастрофа в края на XIV век.
От този период е и пространното житие за Св. Иван Рилски, написано от патриарх Евтимий.
Официалната подкрепа на държавата помага на манастира по това време да се превърне в културен и духовен център. Светата обител достига своя апогей между XII и XIV век, подемът й е пречупен с идването на османските нашественици в края на XIV в., което е последвано от нападения и разрушаване на манастира в средата на XV в.
През 1382 г. Рилският манастир влиза във владенията на феодала Константин Драгаш. Няколко години по-късно-в 1389 г., при похода на Мурад I към Косово поле, почти всички рилски монаси чинно срещат край Дупница султанската войска, стремейки се да умилостивят страшния завоевател. Поласкан от това внимание на „смирените кешиши“, Мурад I издава заповед да бъде съхранен Рилският манастир и да запази имотите си и продобитите в миналото привилегии.
През 1393 г. турските войски разрушават и смазват столицата Търново, след което пада и Търновкото царство.Тогава като по чудо остава пощадена малката църквица на хълма Трапезица, в която се съхранявали мощите на Св. Иван Рилски, занесени в Търново през 1194 г. след освобождаването на Средец от цар Асен I. За по-сигурно мощите се прибират в Търновката митрополия.
Изолиран далеч в планината, Рилският манастир преживява гибелта на Българската държава. Зад манастирските стени намират временно спасение и някои книжовници от Търновското царство, както и от други просветни центрове на поробеното отечество.
По-късно, тук в манастира, през столетията на робството,талантливи книжовници като Теофан, Владислав Граматик, Кантакузин, Мардарий, Йосиф Брадати и още много знайни и незнайни ратници на българската култура, пламенно продължават традициите на родната писменост.
През книжовната школа на Рилския манастир преминава и един малко известен българин - Адриан Раменски. Роден през 1418 г. в Ески Заара (Стара Загора) в семейство на български учители, още като юноша отива в Рилската обител да продължи учението си. След завършване на риломанастирското училище, Адриан е изпратен да продължи образованеито си в Гърция, а след това и в Рим. За възможностите на талантливия българин узнава великият московски княз Василий II Темнiьй (държавата му се нуждае от просветители) и по негова покана през 1447 г. ерудита пристига в Москва, където остава да работи в Андрониковския манастир. Останал в далечната страна, той създава семейство, раждат му се трима синове. Просветната и преподавателска дейност на Адриан Раменски е наследана от неговите синове, внуци и правнуци-шестнайсет поколения издигнати забележителни личности в Русия наследяват опита,културата,мъдростта на своя праотец. Старшите синове на Раменски отиват в Новгород и помагат в просветната дейност ,там се сближават с висшите управници на феодалната република, и при присъединаването на Новгород към Московското княжество през 1478 г., те са затворени, а след това и екзекутирани. След смъртта им, бащата покрусен от станалото се връща в Рилския манастир, където доживява до 1526 г., умира на 108 години. Адриан е погребан в Рилския манастир след един дълъг, бурен и съдържателен живот.
Въпреки извоюваните с толкова мъки султански актове за права ма Рилския манастир, през периода 1421-1451 г. Светата обител е разграбена и изоставена, една част от монасите са избити, други намират спасение в Света гора, Крупник, Сърбия, Русия и др. места, а най-упоритите  остават в стария манастирски скит в Черней (10 км на изток от манастира) и в някои отдалечени постници дълбоко в планината.
Рилският манастир е възстановен през втората половина на XV в. от тримата братя Йоасаф, Давид и Теофан от село Граница, синове на Крупнишкия епископ Яков, който е бил известен със силното си родолюбиво чувство. След неговата смърт през 1448 г. синовете му един по един се заселват в Рилската обител и постепенно издигат манастира от пепелищата, като истински феникс. От тогава той става съкровена българска светиня, притегателен книжовен и просветен център през цялото турско робство.
Най-големият брат Йеромонах Йоасаф е избран за игумен на манастира, той издейства от султан Мехмед II позволение Рилският манастир да не плаща никакви данъци, умира на 20 май 1463 г. След него за игумен е избран средният брат Давид, двамата живи братя насочват цялата си енергия да обновят и разширят манастира, за което срещат и помоща на народа. Те подновяват старите връзки с руския светогорски манастир „Св.Пантелеймон“ - сключен е взаимен договор на 6 юни 1466 г. Освен със Света гора обновеният манастир влиза във връзка и с Охридката архиепископия, под чието върховенство остава близо един век (от 1466 г. до 1557 г.).
Игуменът Давид издейства резрешение от султана за прибиране мощите на Св. Иван Рилски от Търново. Прибирането мощите на Рилския светец в манастира се превръща в тържествено всенародно шествие през лятото на 1469 г. За посрещането игуменът Давид изгражда църква в рилския метох „Орлица“, посветена на светите апостоли Петър и Павел и поканва видните за времето си учени Владислав Граматик и Димитър Кантакузин.
Последният от братята-йеромонах Теофан, който бил най-просветен, след смъртта на Давид през 1479 г., е избран за игумен на Рилския манастир.
През 1491 г.(някъде около тази година е датата на смъртта на Теофан) манастира има нов игумен - Теокист, който се грижи за изписването на изградената от  Давид църква в метоха „Орлица“.
Тясно свързан с историята на Рилския манастир е и големият български книжовник Владислав Граматик, роден през второто десетилетие на XV в. вероятно в западните български краища. Размирната и трудна е епоха, в която живее, духовен наследник на книжовниците Григорий Цамблак, Константин Костенечки и Киприян, той споделя и тяхната съдба - търси спокойствие и спасение в съседна, все още васална Сърбия. Настанява се в преуспяващия търговски град Ново бърдо, където през 1455 г. преживява разоряването на града от султан Мехмед II, в тези страшни дни Владислав загубва цялото си семейство, останал по чудо жив, бездомен и самотен, се озовава в Младо Нагоричано, където в къщата на Никола Станчев написва своя първи полемико-догматичен сборник срещу католицизма. Загубил най-близките си и преживял голямо лично нещастие, той избира да служи на своя поробен народ. Богато и обемно е творчеството на Владислав Граматик, неговият четвърти сборник „Рилски панагерик“ (1479 г.) е написан по настояване на управата на Рилския манастир, по поръка на тогавашния игумен Теофан. Сборникът от 735 листа, красиво изписани и изпъстрени с винетки и заглавни букви, застъпва произведения на български автори, поместено е житието на Св. Иван Рилски от Патриарх Евтимий, родолюбивият книжовник представя сборника като естествено продължение на Евтимиевото житие на Рилския светец, но най-голямото произведение в него е „Рилската повест“-темпераметен разказ за пренасяне мощите на Св. Иван Рилски от Търново в Рилския манастир.
Друг книжовник свързан с Рилския манастир е Димитър Кантакузин - един от известните оратори, учени и писатели на XV в., съвременник и приятел на Владислав Граматик, той е сочен и за  един от най-значителните майстори на българското художествено слово. Негово произведение е „Житие с малка похвала на св. Иван Рилски“, поместено в „Рилския панагерик“ (стр.514-523). Голямото поетично дарование на Д. Кантакузин се изявява в написаната от него „Служба на Св.Иван Рилски“, побликувана за първи път от Неофит Рилски в Белгарад през 1836 г. Тя е подготвена от автора в чест на тържественото посрещане на мощите на Рилския светец в манастира на 1 юли 1469 г.
Димитър Кантакузин е основоположникът на богатите културни и книжовни традиции в Рилския манастир през Турското робство.
Един от ревностните пазители и продължители на българската култура през робството е книжовникът Мардарий, творил в Рилския манастир през втората половина на XV в. и началото на  XVI в. Ученик на Владислоав Граматик, той наследява усета и любовта към книжовната дейност, запазени са голям брой ръкописни книги и сборници на Мардарий.
Делото на този книжовник  е още едно доказателство, че в карая на XV в. и началото на  XVI в., в Рилския манастир вече съществува  авторитетна книжовна школа, чиито произведения се разпространяват из България, стигат на юг до Света гора и на север до Румъния и Русия.
От Рилския манастир са излизали най-добрите в миналото български духовници, народни учители, книжовници и просветители, които повече от хилядолетие пазят българския език и писменост. Може да се каже, че тук се създава едно от най-старите училища в България, по стара традиция, още от основаването на манастира, новопостъпилите послушници са определини да живеят под ръководството на някои по-стари подвижници, които са задължени да учат своите млади следовници, наречени по-късно ученици. Така игуменът на манастира Дометиан ,който преписва „Завета на Св.Иван Рилски“ от оригинала на 12 февруари 1385 г., пише „че е бил ученик на преподобния Варлаам Пустинника“. Всеки манастирски жител е бил длъжен да се обучава, затова в манастира се организирали нисше и по-висше училища, едното за елементарна грамотност, а другото за подготовка на бъдещи духовници.
През XVII, XVIII и XIX в. в Рилския манастир продължава да се развива книжовен живот, тук живеят и работят високопросветени за времето си книжовници, това са личности като: Йосиф Брадати, основател на Рилската дамаскинарска школа (от 194 открити дамаскини в България 10 носят неговия подпис), неговият най-надарен ученик монах Никифор Рилски, техни съвременници и следовници са йеромонах Роман от Габрово, поп Тодор от Враца, поп Пунчо от Мокреш, йеромонах Теофан Рилски, Севастиан, а през  XIX в. тук творят: Йосиф Баташки, Неофит Рилски, Христаки Павлович (Дупничанин), Аверки поп Стоянов, Синесий Скопски, хаджи Агапий, Авксентий Велешки и много други, които разнасят светлина и просвета из всички краища на България.
През 1757 г. в Рилския манастир пристига Ипекският патриарх Кирил (тогава манастира влиза в земите на Ипекската патриаршия),  на който прави впечатление будният и начетен игумен Серапион.Патриархът го ръкополага за митрополит с новото име Серафим, той е първият български духовник през османското робство издигнат във владишки сан. Макар и митрополит Серафим продължава да преписва стари ръкописни книги. На старини отново се връща в Рилския манастир, където умира около 1800 г. Всичките си спестявания завещава на манастира,а през 1835 г. с неговите пари и с тези на ученика му Севастиан, се издига черквата в метоха „Пчелина“.
През 1766 г. след разпадането на Ипекската патриаршия, Рилският манастир влиза в диоцеза на Цариградската патриаршия при Вселенския патриарх Самуил.
Летописната книга на манастира помни и един  игумен с интересна съдба - Игнатий, самият той преди да се земонаши в началото на осемдесетте години на XVIII в., е бил свирепият капсъзин Иван Радев Калпачки от Ески Заара (Стара Загора), страшен харамия и жесток разбойник.И закоравелият престъпник, за да намери покой на душата си и опрощение на греховете си търси убежище тук, като намята черното расо.
През вотрата половина на XVIII в. Рилският манастир преживява тежки изпитания - разбойнически турски и арнаутски банди го ограбват, опожаряват и избиват монаси през 1765, 1768 и 1778 години. Възстановител на обителта след последното от тези опустошения, е именно този Игнатий, който със средствата от събрани от тъмното му минало, изписва и постницата „Свети Лука“ през 1799 г.
Племенника на Игнатий (негов сестрин син), който е кръстен на вуйчо си Иван, идва в Рилския манастир да продължи образованието си, тук той се замонашава и приема монашеското име на своя роднина - Игнатий. Напуска манастира през 1805 г., следват години на мъки и премеждия,на няколко пъти е залавян от турците и принуждаван да приеме исляма,баща му е убит, а той, майка му и сестрите му са потурчени насила. Накрая,през 1814 г. отива в Цариград за да умре мъченически за вярата Христова, там публично пред турски кадия се отрича от мюсюлманството, което е приел насилствено като младеж. Въпреки уговорките за големи дарове и охолен живот, българинът упорито отказва, осъден е на смърт с обесване.
Само една година след трагичния му край, Игнатий Старозагорски, е канонизиран за светец - заселен е в небесния пантеон на България.

Епохата на Българското възраждане променя и разширява дейността на Рилския манастир. По това време той вече е не само пазител на историческата памет, но и огнище на разпространение на новите идеи и стремежи на формиращата се нация. Комплекса бива реконструиран и реновиран с помощта на богати българи от цялата страна (Копривщица, Тетевен, Чирпан, Стара Загора, Самоков, София). Многобройни книжовници и просветители, възпитани в него, ратуват за изграждане на национално самоосъзнаване и посредством широката мрежа от метоси и параклиси, обхванали цялата страна.
От началото на ХІХв започва строителното обновяване на манастира и за половин век той се превръща в паметник на най-доброто, което художествения опит на Възраждането може да сътвори. В него работят най-опитните творци на епохата, които, водени от желанието да създадат величав паметник на своя народ и своето време, се стремят да постигнат съвършенство, подчинявайки на тази цел всички лични амбиции и дори, когато е нужно, собствената творческа индивидуалност.
Такъв творец е възобовителят и архитектът на Рилския манастир в сегашния му вид - устбаши Алекси Рилец. Той е  първият голям български строител, появил се от мрака на робството, на когото се поверява такава отговорна задача. Алекси е родом от Дебърско, към 1760 г., идва в края на XVIII в. в село Рила като майстор, където се оженва, създава семейство и живее до края на живота си - 1850 г. За първи път, през 1816 г., след участие в изграждане на части от Атонските манастири и други обекти, вече удостоен със званието „архитект“, на 56 години Алекси Рилец е поканен, за да проектира и ръководи изграждането на източното, северното и западното крило, което завършва в 1819 г.. За това свидетелстват трите паметни плочи, на които редом с неговото име фигурират имената и на игумените Йосиф и Теодосий. Но не минава много време и Алекси Рилец, вече на 73-годишна въраст, отново се изправя пред руините на манастира, след опустошителния пожар през 1833 г. През следващата - 1834 г.  той отново ръководи възстановяването на манастира, като вгражда и пожарозащитни зидове, които излизат пред стените и над покрива. По този начин предпазва красивите дървени тераси и кьошкове, като тези на майстор Кръстьо Дебърли от Лазарополе, от бъдещо разрушаване.
Освен това си знаменито дело майстор Алекси  участва и в разширението на Хрельовата църква (1784-1792) и околните манастирски сгради - църквата „Св. Лука” (1796), Костницата (1794-1795), метохът „Пчелино” (XVIII и XIX век), новите сгради на метоха „Орлица” (XIX век), разширението на църквата „Св. Архангел Михаил” в с. Рила и др.
През 1834—1837 г. устабаши Павел Йованович от село Кримин (Костурско, Югозападна Македония) построява манастирската църква „Света Богородица”, а майстор Миленко Велев от село Блатешница (Радомирско) извисява южното крило на манастира по подобие на останалите три.
Не трябва да се забравя,че още от самото си основаване Рилския манастир е и огнище на собствено певческо творчество, изпълнено с красота и благолепие. В по-ново време, през 1790 г. за преподавател  е назначен прочутия светогорски певец Йоасаф, отличен познавач и изпълнител на старобългарското църковно пение. През 40-те години на XIX в. се оформя напълно рилската църковнопевческа школа, в своите композиции монасите включват вариации с народно-песенен елемет. Неофит Рилски е владеел прекрасно и църковното пеене, най-значителните му песенни творби са: „Блажен муж“, “Похвална песен преподобного нашего Йоанна Рилского“, “Воскресния ден“ и др. Изключително мелодични качества има и „Достойно ест“ на Аверкий Рилец“.
Старобългарският църковен напев е доказателство за вродената музикалност на народа ни, а също и свидетелство за богатата мизикално-певчевска култура на българина.
Както църковното пение, така и дърворезбата, векове наред е познато и любимо изкуство за някои рилски монаси. Вратата на средновековния Хрельов храм и неговият трон, показват колко стара, богата и устойчива е тази традиция. Безспорн връх в рилската дърворезба заема унклният „Рафаилов кръст“. По предания, в края на 1802 г., след дванайсет годишен упорит труд, рилският монах Рафаил завършва изключителното си творение - резбования напрестолен кръст. Сведения за живота на големия майстор-резбар са оскъдни и се губят някъде в легендите.За него се знае, че е роден в село Калища, Радомирско и твърде млад дава монашески обет.
„Рафаиловият кръст“ е висок 80 см,раменето му са широки 42 см,дебелината на дървото е 3 см, изработен е от монолитен липов дървен блок. С творчески финес и артистична грация от всяка страна на кръста са изобразени 36 библейски сцени, с общо около 600 склуптурни фигути.
Напрежението, многогодишната прецизна работа при слабо осветление, превръщат този шедьовър в изстрадало изкуство - очите на майстора ослепяват след като виждат довършено удивителното постижение. Това съвършенно творение на естета Рафаил, издига българското изкуство на сияйни висоти.
През първата половина на XIX в. от универсалната школа на Рилския манастир излизат и много  майстори на графичното изкуство, които отпечатват големи количества щампи,предназначени предимно за патриотично и художествено въздействие .Към тази активна група рилски монаси-възрожденци, заслужено се причислява Хаджи Исай Щампаря, под негово ръководство, в специлно построена за това сграда се произвеждат манастирските щампи.
В Рилският манастир са се създавали и съхранявали множество произведения на приложното изкуство: златотъкани църковни одежди, покрови, колани и антиминси, от които има запазени екземпляри от XV до XIX в. Много са произведенията на златарството и металната пластика: чаши, потири, дискоси, мощехранилници, кадилници, кръстове и други.
Духовните връзки между българската и Руската, Румънската, Сръбската и други православни църкви съществуват още от далечно минало, свидетелства за тази близост се откриват и в Рилския манастир. Една от най-забележителните и скъпи реликви на манастира, написна  в Румъния, е Крупнишкото евангелие, подарено на Светата обител от Крупнишкия митрополит Йоасаф през 1577 г., не по-малко ценно е и Сучавското евангелие, преписано през 1529 г. в румънския манастир Путна. В манастирския музей днес се съхраняват църковни предмети и книги, свидетелстващи за връзкте на Рилския манастир със Сърбия, такива са: архиерейски епатрахил приготвен по поръчка на Рашкия сръбски митрополит Симеон през 1550 г., “Следовен псалтир“ печатан от сръбския печатар Божидар Вукович в началото на XVI в. и др.
Може да се каже, че връзките на Рилската обител с Русия са отколешни - “от много старо време“. Потвърждение за това се намира в договора за взаимопомощ със светогорския манастир „Св.Пантелеймон“ през 1466 г., както и мисията на рилските монаси в Москва през 1559 г., от където донасят икони, църковни одежди, пари, книги и богослужебна утвар, впоследствие следват няколко такива делегации. В Русия проникват сведения и църковни служби за Рилския светец, в руските земи Св. Иван Рилски за пръв път се споменава в Галицкото евангелие от 1143-44 г.
Двустранните взаимоотношения между Рилския манастир и Русия продължили през вековете, позволяват редица рилски монаси да получат солидно духовно образование, както и обратно.
Рилският манастир не остава безучастен и в стремежите на българския народ за извоюване на национална независимост, през цялото петвековно робство Светата обител не престава да приютява и подпомага българските патриоти и борци за свобода. Тук намират убежище въстанници от  рабитото Второто търновско въстание през 1686 г., заедно с техния предводител Ростислав Страцимиров - пристигналият  от Русия потомък на славните български царе. Тук се укриват непокорни бунтовници след жестоко потушеното въстание от 1737 г., избухнало в западните български земи, окуражено с приближаването на австрийските войски.
В тези размирни времена Рилският манастир често става прицел на разбойници, за това той се принуждава да си наеме охрана-манастирските пандури. Като пръв измежду тези закрилници трябва да се посочи Ильо Марков Мальешевски, гарантирал сигурността на манастира близо 20 години - до 1861 г., когато заминава за Сърбия по призива на Георги С. Раковски. Целият си живот, този корав българин посвещава за свободата и обединението на България. Дори и на осемдесет годишна възраст, той и четата му участват в Сръбско-българската война през 1885 г.
През последните десетилетия на турското робство монасите тайно подържат избягалите Рила планина хаидути,това са: Чакър войвода от Самоков, Златко войвода, Ангел войвода и много други. През август 1872 г. в Рилската обител дохожда и Апостолът на свободата Васил Левски, гостувайки на Спасе Пандурина от Лом.
Тъй като Рилският манастир се намира в центъра на земите населени с българи, а в него служат родолюбиви монаси родени в Мизия, Тракия и Македония и неговите пратеници (монаси таксидиоти) изпращат средтва и дарения за манастира, водят поклонници от тези земи, и не само за това, то той всячески оказва помощ на борбите за освобождение на останалите под робство български краища след Освобождението. Рилската обител дава подслон на хиляди бежанци прокудени от родните си домове в Македония, напливът е особено голям след зверското потушавене на Илинденско-Преображенското въстание от 1903 г.
На 5 септември 1943 г. в манастирската църква „Рождество Богородично“ е погребан цар Борис III, където гробът му стои и до днес. В лявата страна от гроба се намира резба, изработена на 10 октомври 1943 г. от жители на село Осой, Дебърска околия, с надпис: “На своя Царь Освободитель Борисъ III отъ признателна Македония“.

През 1961 г. манастирът е обявен за Национален музей "Рилски манастир", но през 1968 г. монасите са върнати, през 1976 г. става национален исторически резерват, а от 1983 г. е под егидата на ЮНЕСКО.
През април 1991г. с постановление на Министерския съвет на Република България бе възстановен монашеския статут на манастира и неговата автономия в рамките на Българската православна църква.

Архитектура и изкуство:
Още от Средновековието към Рилският манастир има изградени пътища на поклонници от целия свят. В него се кръстосват няколко от главните поклоннически пътища на Балканите: един от Влажко през Видин, София, Дупница и Рилския манастир към Света гора; втори от Казанлък, Карлово и Пазарджик през Самоков и манастира към Беломорието; трети от западните български земи, довеждащ поклонници в Рилския манастир от Средна Европа, Далмация и Сърбия.
Сегашният облик Рилския манастир се оформя през първата половина на XIX век. Обителта представлява комплекс от култови, жилищни и стопански постройки с обща площ 8800 кв. м. Вътрешният двор е обграден с 24-метровите каменни стени образуващи неправилен петоъгълник. Тук са разположени отбранителната кула и главната църква "Рождество Богородично''. Целият комплекс е нa 4 етажа с около 300 монашески килии, 4 параклиса, и други помещения.
Построен като крепост, разчитаща на самозащита, манастирът има само два входа, достатъчни добре обезопасени с дебели и обковани с желязо врати, които при нужда правят вътрешния двор напълно недостъпен. Главна е Дупнишката порта, до която в миналото е стигал пътят, идващ от поречието на река Струма. Затова и нейното изписване е по-грижливо, орнаментите са по-изящни, а фигурните сцени наситени с по-пряко насочен идеен пълнеж.Самоковската порта е близка по пространствено решение на Дупнишката – с шатровидно засводяване на входа, изписани арки и стени, но тук изрисувания балдахин е решен по-грубо и геометрично, колоритът включва и тонове от студената гама, семантичната натовареност е по-малка.Това е обяснимо, тъй като Самоковската порта всъщност извежда към стопанската територия на манастира, която е значително по-голяма по площ от самия него, но е второстепенна по предназначение.

Хрельовата кула
Най-старата постройка в Рилския манастир е изцяло запазената отбранителна кула, известна още като „Хрельовата“, тя дава пълна представа за характера на крепостното строителство през зрелия български феодализъм. Градена според надписа на входа й през 1334-1335г. от протесеваст Хрельо и посветена на св. Йоан Рилски и Богородица Осеновица, тя представлява архитектурно-строителна творба с висока стойност, свидетелство за техническото и художествено умение на средновековните майстори.
Високото почти 23 м свободно стоящо стройно тяло на кулата, изградено върху почти квадратна основа от 7,75 х 8,25 м, подразделено вътрешно на пет етажа, с приземие под нивото на двора, е и днес главната доминанта в двора на манастирския ансамбъл, заобиколен отвсякъде с високи жилищни крила. Тъй като не могат да премахнат външната суровост на Хрельовата кула, която при това е много близка до църквата „Рождество Богородично”, възрожденските строители долепват до нея ново тяло – звънарница, с височина, почти равна на покрива на църковната сграда.
Най-голям интерес в архитектурно-художествено отношение представлява оформянето на последния пети етаж на кулата с параклиса „Преображение Господне” ,който е най-старият манастирски параклис. Стенописите му датират от XIV в. и са изключително ценен паметник на българското средновековно изкуство.
Художественото въздействие от архитектурния образ на „Хрельовата кула“ е бил твърде силен не само върху нейните съвременници, но и върху творците на възрожденския манастирски ансамбъл, създаден пет века по-късно от нея. Средновековната „Хрельова кула“ се включва органично като неделима част от типичния за XIX в. целокупен образ на манастира.

Жилищни и стопански сгради
Жилищните крила в Рилският манастир са строени през първата половина на XIX в. Аркадите на жилищните манастирски крила, чиито лъкатушни линии обграждат дворното пространство, чардаците им, украсените с резба и надвиснали като гнезда над двора кьошкове, покривните плоскости, покрити с червени керемиди и подразделени на правоъгълници от светлите редове на хоросанената спойка, и многобройните комини, които ги увенчават като бели кулички. Манастирът разполага с повече от 300 помещения с богата дърворезбена декорация, многоцветно изписване и обзавеждане. От тях близо сто и десет са монашеските килии, всяка, от които се състои от малко предверие, кухня с огнище и стая за спане и работа.
Най-привлекателни сред стотиците помещения са гостните стаи. За единадесет от тях е известно, че са обзаведени със средства на жителите от замогналите се икономически през Възраждането български селища и в тях са отсядали поклонници от тези селища. Затова те се наричат съответно Копривщенска, Кюстендилска, Габровска, Чирпанска, Тетевенска, Златишка, Панагюрска, Пазарджишка, Софийска и Пиротска гостни стаи. Те са просторни и украсени с декоративни стенописи на светска тематика, с дърворезбени и стенописвани тавани, с изящни черги и килими.
Складовите и домакинските помещения са на подземно и приземно ниво, като дори специална вада, отбита от буйната река Друшлявица, довежда за мливарите вода вътре в сградата.

Магерницата
Силно впечатление прави  грамадната манастирска кухня (магерницата), разположена в приземието на северната им част. Дело на първостроителя на Риломанастирския комплекс – Алекси Рилец, манастирската магерница е уникална по своето архитектурно и техническо решение и по художественото си вътрешнопространствено въздействие. Над квадратната й основа със значителни размери (7,80х7,80м) се издига 22-метров висок комин, обхващащ цялото помещение. След повече от половин столетие френският инженер Айфел построява в Париж своята забележителна кула ,като ползва същия статичен принцип,осъществен от българския самоук майстор Алекси в магерницата,само че дипломираният инженер прилага железна конструкция.
Вътре в магерницата са разположени големите казани, в които в миналото са готвили за изхранването на цялото множество от монаси и поклонници. Днес магерницата е отворена за посетители.
Други помещения са голяма трапезария, игуменарница, болница, клисарница с библиотека, съдохранилница и просфорна,четири етажни параклиса, многобройни складови и домакински помещения и дори арест.

Параклиси
Четирите етажни куполни параклиса, включени в реда на жилищните помещения, са разположени два по два един над друг съответно над проходите на Самоковската порта в източното крило „Св. Йоан Богослов” и „Св. Сава и Симеон Сръбски” и над Дупнишката порта – в западното: „Св. Йоан Предтеча” и „Събор на светите Архангели”. С извисените си през два етажа пространства, покривите с живопис стени и куполи над предолтарните им части и с богатите си позлатени дърворезбени иконостаси и ценни икони те привличат многобройни ценители на художествените умения.

Главен манастирски храм "Рождество Богородично"
Главната съборна църква „Рождество Богородично” е построена от майстор Павел Иванович в периода 1834 – 1837г.,на мястото на стара по-малка средновековна църва. Тя е трикорабна, 5-куполна постройка без предверие, с два странични параклиса посветени на св. Николай Мирликийски и на св. Йоан Рилски, и открита галерия. Украсата на храма е завършена през 1846г. и в изпълнението и участие взимат такива изтъкнати майстори на възрожденското изкуство, като Димитър Зограф, Захари Зограф, Коста Вельов и Станислав Доспевски от Самоков, Димитър Молеров и Симеон Молеров от Банско и други. Наред с евангелските сцени и ликовете на славянски светци, тук има и голяма галерия на възрожденски портрети на многобройните ктитори на манастира.
Иконостасът в главната църква е сред шедьоврите на Самоковската резбарска школа. Той е работен от 1837 до 1843г., изключително детайлен  и богат, изцяло позлатен, е  и най-големият в България.

Движими старини:
В Рилският манастир се намира една от най-богатите колекции на икони от XIV до XIX в. Най-стара е иконата "Възкресението на Лазаря" от III - IV в. Старинна е и една икона с изображение на Иван Рилски, датираща от XIV в. Други по-стари запазени икони са тези на: "Св. Арсений" (XIV-XV в.): „Успение Богородично" (XV-XVI в.); "Св. Георги на трон" (XV в.); "Богородица Умиление" (XV в.), "Йоан Предтеча" (XVII в.); "Христос на трон" (XVII в.) и други.
В  главната манастирска църква се намира чудотворната  икона "Света  Богородица Одигитрия" (Пътеводителка), известна като „Осеновица“. В нея са инплантирани 32 четириъгълни преградки с мощи на светци. Според преданието иконата е подарена на манастира от сестрата на цар Иван Шишман, така наречената "Мара бяла българка" - жена на султан Мурад І (1319-1389). До неотдавна светинята се е държала заключена и изнасяла за поклонение само на големи празници, но след въдворяването на игумен Евлогий тази практика е отменена и днес всеки може да ѝ се поклони на левия проскинитарий в манастирския храм. Местното население почита иконата като изцелителка при тежки заболявания и при масови епидемии. В такива случаи свещеника посещава дома и обхождат засегнатите места, прави се водосвет и се поръсват.
И най-голямата ценност на Рилската света обител са нетленните мощи на самия Св. Иван Рилски. Съхраняват се в мощехрантелница, намираща пред олтара на главната, саборна църква.

Книжнина:
В библиотеката на Рилският манастир се съхраняват около 250 ръкописни книги от периода между XI-XIX век, 9000 старопечатни издания, нотирани ръкописи, възрожденски щампи и др. Сред тях е Рилският сборник от XIV-XV в., който съдържа преписи от най-старите жития на св. Иван Рилски, глаголическите листове от X-XI в., две евангелия - апракоси от XIII в., сборник със служби и жития на св. Иван Рилски, Псалтир и два сборника "Адрианти" от 1473г., големият Панагерик от 1479г. писани от Владислав Граматик, Панагерик от 1483 година и Минеи от 1487г., Сучавското евангелие от 1529г., Крупнишкото евангелие от 1577 година с обков от софийския златар Матей и многобройни дамаскини, триоди, требници и други. Особено ценни са съчиненията на българският педагог и писател Неофит Рилски, основната част от, които се съхраняват в манастирската библиотека.
Рилският манастир е открита и първата печатница за щампи (гравюри върху метал и дърво) през XVIII в. Тук се намира и най-голямата колекция от клишета от това време. Най-често сюжетите на щампите представят образа на Иван Рилски с моменти от житието му и изгледи от манастира.

Архитектурни паметници извън манастирския комплекс:
През многовековното съществуване на Рилския манастир са създадени множествено единични и групи архитектурни паметници, пръснати из имотите на манастира в неговото близко или по далечно обкръжение, споени с основното манастирско ядро и гравитиращи към него не само териториално, но и функционално. Въпреки,че са част от цялостта на обителта, днес някои от тези обекти не получават достатъчно грижи, необходими за опазването им и остават неизвестни за многобройните посетители и поклонници на манастира, а това са именно:
- Приманастирското селище -  в непосредствена близост до манастирското ядро, източно и северно от него и гравитиращо към Самоковската порта, обслужващо манастирското монашеско братство и многобройните постоянно прииждащи поклонници. То се оформя пълноценно към XVIII-XIX в., а някои части в него датират от по-ранно време. Главните постройки в това селищно образование са масивните обслужващи стопански сгради,от които най-значителна и впечатляваща е каменната солидна и с художествен вкус изградена манастирска фурна, построена през 1866г. от майстор Марко от с. Вран.
За  жалост, голяма част от старите постройки вече не съществуват - на тяхно място в момента се изграждат нови.
- Църквата-костница „Св. Въведение Богородично” - тя е част от цял ансамбъл, разположен южно и ниско под манастира, до Рилска река и около старата костница, при манастирското гробище, построена е през XVIII в.
- Комплексът на постницата с църквите „Св. апостол и евангелист Лука“ и „Покров на Пресвета Богородица“ - намира се на около 3 км североизточно от манастирското ядро,разположен е на пътеката, която води за „Старата постница“.
- „Старата постница“ с църквата „Успение на Св. Иван Рилски” - на около 3,5 км североизточно от манастира,при пещерата-жилище на Св.Иван Рилски.
- Метох „Пчелина“ - разположен е на около 4 км югозападно от манастира,в дясно,до шосето за с.Рила,предтсвлява комплекс от жилищни и стопански сгради,и църква „Успение Богородично”,намираща се на около 1,5 км нагоре в планината,в северна посока.
- Метох „Орлица“ с църква „Св. св. апостоли Петър и Павел“ - на 3 км от град Рила и 18 км от Рилски манастир, най-компактен сред архитектурните ансамбли около Рилската обител, създаден не по-късно от XIV в.