През втората половина на IV в. големият административен и стопански център Пауталия е вече и средище на епископия. По това време в него започват да се строят огромни раннохристиянски църкви, някои от които върху по-ранни езически храмове. Съществуването на активен духовен живот от епохата на ранното християнство (IV - VI в.) е засвидетелствано с регистрираните в района на днешния град на седем трикорабни базилики: две при северната порта, построени една върху друга; други две базилики извън крепостната стена (изградени също една върху друга); една базилика северно от форума; друга - сред античния некропол и една базилика в крепостта "Хисарлъка".

Двете базилики южно от северната стена на Пауталия се намират в един от античните комплекси (наред с други обществените сгради), находящ се между улиците "Патриарх Евтимий" и "Хан Крум", под сградата на читалище "Братство" (бившия младежки дом). На мястото на по-ранната, дълга около 30 м, е построена втора базилика със значително по-големи размери - 48 х 15 м. Тя е трикорабна, едноапсидна с трансепт. При първоначалното ѝ разкопаване не е разкрита цялата ѝ площ. От храмът е запазена полихромна мозайка, итересна в цветово и композиционно отношение. Южно от базиликата е разкрит внушителен комплекс, вероятно епископски дворец. Базиликата се отнася към IV в., като е преустроена в края на  V в., или началото на VI в., от което време е и мозайката. След разкопките в началото на 80-те години на XX в. базиликата остава не изцяло разкопана.
Археологическите проучвания са подновени през 2003 г., поради строеж на сграда.  Разкопките продължават и през следващите години, при което е разкрита и северната ѝ част. В този период е проучена втората (по-голямата) базилика - разкрити са северната част на апсидата и наоса, както и архитектурни комплекси източно от църковната сграда. Апсидата е с диаметър 6 м. Зидовете ѝ, изградени със смесена зидария (opus mixtum), са запазени на височина до 1 м. От запад олтарното пространство е оградено с каменни блокове, за които е била прикрепена олтарната преграда с оловен припой, с дължина 12,70 м. Северно от апсидата на източната стена се намира отвор за двукрила врата, през която е влизал свещеника. Входовете на източната стена са характерни за Константинополския архитектурен кръг. Подобно архитектурно решение се среща и при базиликата в кюстендилската крепост "Хисарлъка", но там входът е южно от апсидната конха. Базиликата е имала и втори вход - на южната стена на трансепта (напречния кораб), който е извеждал към двора. Функционирал е през първия строителен период сградата. През втория период той е бил затворен и само входът на източната стена е продължавал да се използва.Точен аналог на базиликална сграда с входове от юг и изток е базилика № 2 от крепостта "Крумово кале" до Търговище.
Базиликата заема основно място сред раннохристиянските църкви в Пауталия. Големите ѝ размери, богатата мраморна декорация и полихромната подова мозайка, я открояват като най-забележителния молитвен храм през раннохристиянската епоха.
Голяма част от базиликата е съхраненена и консервирана в приземния етаж на бившия младежки дом. Част от мозайката е реставрирана и преместена в Историческия музей на Кюстендил. Северната част на раннохристиянския храм все още не е цялостно проучена (към 2012 г.) и тепърва предстои да бъде реставрирана и консервирана.

Двете ранновизантийски базилики извън крепостта на Пауталия се намират близо до северната ѝ стена.Те също са разположени една върху друга.
Базиликите са проучени през 80-те години на XX в. от археоложката Л.Стайкова, която разкрива източните им части. Едната базилика, наречена № 1, е проучена в основи, а втората (наречена № 2) е по-голяма. Тя е била трикорабна базилика с полукръгла апсида и синтрон. В градежа ѝ са забелязани няколко строителни периода. Въз основа на архитектурните ѝ особености и откритите находки, базиликата е датирана към втората половина на IV и началото на V в.

Базилика северно от форума на античния град - разкрита е през 80-те години на XX в. от Румен Спасов. Намерен е нартексът и западната част от трикорабен базиликален наос.

Базилика в югозападния некропол на Пауталия - разкрити са източните части на трикорабна църква с голяма полукръгла апсида, снабдена със синтрон. Намерени са останки от мозайка в подовете на олтара и на наоса.



Използвана литература:
1. Дремсизова-Нелчинова, Цв. и Людмила Слокоска - Археологически паметници от Кюстендилски окръг, София, 1978 г.
2. Нели Чанева-Дечевска. Ранно-Християнската архитектура в България ІV-VІ в., София, 1999 г.
3. Стайкова-Александрова,Лидия.- Разкопки на базилика № 2 от Пауталия, Музеен вестник - РИМ Кюстендил, бр.12, 2010 г.