Църквата се намира на 2 км северно от град Бобошево, върху възвишение на десния бряг на река Струма, в местността "Селище". По тип принадлежи към кръстокуполните църкви с издаващи се свободно рамене на кръста. Има дължина 7,40 м и ширина 6,20 м. Полукръглата апсида е прорязана от тесен, дълъг прозорец. Куполът е стъпвал върху цилиндричен барабан, осветяван от четири прозорци. Църквата е градена от камък, а куполът и сводовете от тухли. В купола редиците тухли са замазани през един ред, тъй че се получава ефектна декоративна украса.
По стените на църквата са запазени стенописи в два пласта.Фреските от ранния пласт са унищожени, а тези от втория представляват ценни творения на българската средновековна живопис.Частично запазени са scenite: "Тайната вечеря", "Умиване на нозете", "Моление в Гетсиманската градина", "Предаване на Христа от Юда" и др.
Относно датировката на църквата има противоречия : В.Миков я отнася към XIII—XIV в., Н.Мавродинов — XII в., а Д.Панайотова - към първата четвърт на XI в, а стенописите - втория пласт, датира от първата половина на XIV в. Църквата е от най-старите сред църквите у нас от т. нар. тип на свободния кръст.
По план и архитектура църквата "Св.Тодор" напомня на средновековната църква "Св.Никола" в Сапарева баня.
През 1962 г. тя е „опакована” с дървен градеж, в очакване на пълната и реставрация,и така до 19 Август 2010 г.,когато защитното съоръжение рухва и се сгромолясва върху старината(виж тук).Многократно са подавани сигнали до отговорните институции за тежкото състояние, в което се намира черквата.От Националния институт за паметниците на културата обясняват, че техните правомощия са да дават препоръки и указания, но не и да финансират.
Всички  отричат храмът да е тяхна собственост и да са отговорни за срутването му....!?

Използвана литература:
1.Миков, В. - Църквата "Св.Тодор" - Известия на Археологическия Институт, V, 1928-1929 г., с.33
2.Мавродинов, Никола - Външната украса на старобългарските църкви - Известия на Археологическия Институт, VIII, 1934 г., с.61
3.Кепов, Иван - Миналото и сегашно на Бобошево. 1935г.
4.Дремсизова-Нелчинова, Цв. и Слокоска, Л. - Археологически паметници от Кюстендилски окръг, София, 1978 г.

5. Репортаж по БНТ (виж тук)