Средновековната епископска черква „Св. Троица” се намира в югоизточния край на село Крупник, на около 600 м от селската черква в центъра на селото. Разположена е на заравнена тераса, от която се открива прекрасна гледка към цялата Симитлийско-Крупнишка котловина и към входа на Кресненския пролом.

Тази забравена и оставена на произвола на времето българска старина има доста интересна история. Точната дата на създаването на крупнишката църква не е известна, но е прието тава де е било през XIV в. Знае се, че след окончателното завладяване на Велбъждското деспотство от османлиите в началото в началото на XV в., тук идва и става епископ Яков I, който преди това бил болярин в Велбъжд (Кюстендил) и първо избягал в кюстендилското село Граница.  Дали разглежданата църква е била епископска преди дохождането на Яков I или е станала такава след това, не е установено със сигурност. Доказан факт е обаче, че църквата е била катедрален храм на просторната Крупнишка епископия, просъществувала до втората половина на XVII в.
Тук са служили известните досега крупнишки епископи: Яков I (починал 1448 г.), вероятно и неговите синове Йоасаф, Давид и Теофан (възобновителите на Рилския манастир), Яков II (ктитор на изписването на църквите в метоха „Орлица” и в Бобошевския манастир) и Йоасаф, който през 1577 г. подарява на Рилския манастир прочутото Крупнишко евангелие. Досега не е доказано, но има вероятност това евангелие да е писано именно тук.
Епископската църква е разрушена около 1670 г., когато населението на Крупник е помохамеданчено. Тогава на мястото на мястото на разрушената църква е построена джамия. Последната просъществувала до 1904 г., когато била съборена от голямото Крупнишко земетресение. Основите на минарето ѝ са запазени и до днес. Интересен е фактът, че по време на споменатото земетресение, не пострадал нито един християнски храм из околните села. Това било прието от тогавашното мюсюлманско (помашко) население на Крупник като знак свише, че е дошло време тези земи да станат отново български (Крупник е освободен от османско робство през 1913 г.).
Епископската църква е разкрита и проучена от проф. Станчо Станчев, след като през 1947 г. в близост до нея при започване на строежа на Здравен дом, са разкрити основите на късноантично селище. В последствие се установява, че върху селището и около църквата, през средновековието е имало некропол. Гробовете са били ориентирани, спрямо християнската традиция, по направлението изток-запад.  Интересно е, че някои от гробовете били иззидани с тухли и покрити с двускатен покрив от тикли. Това е един от малкото примери в България, в който така ярко се проследява вплитането на антични традиции в българското средновековие.
Освен основният изследовател на крупнишката църква проф. Ст. Станчев, и редица други български учени и специалисти включват в изследванията си разглеждания паметник, между тях попадат имената на Нели Чанева-Дечевска, Цв. Дремсизова-Нелчинова,  Виолета Димова, краеведът Крум Костов и др.

Запазената днес в основи църква представлява триконхална сграда с притвор, с една апсида на изток и по една конха на северната и южната стена. По план принадлежи към еднокорабните куполни църкви със стегнат кръст. Храмът е бил значителен по размери – 16,30 х 11,75 м. Основите, дебели от 0,80 до 1 м са изградени от редица камъни и един ред тухли на хоросанова спойка. Сега са запазени на височина до 0,80 м. В наоса еднакво дълги кръстни рамена чрез пендативи са поддържали подкуполния барабан. Конхите са проектирани извън корпуса на сградата, така че са придавали на църквата правилна кръстовидна форма на църквата.
В апсидната конха е изграден синтрон, белег за предназначението на този храм като катедрален – епископски. Пред синтрона стои цилиндричен камък, който е служил за поставка на олтарната трапеза. В ново време, в средата на апсидата е изградено с тухли малко параклисче за култови нужди.
Притворът, свързан с наоса посредством широка врата, е бил просторен и декориран със слепи ниши, разположени в средата на северната и южната стена, а покривът му е бук полуцилиндричен.  Днес притворът е затрупан и по-голямата му част влиза в съседния, заграден с ограда, частен имот.
Подът на църквата е бил застлан с малко каменни плочи и почти изцяло с тухли, същите, каквито са употребявани в градежа на стените. При разчистването на църквата, в северната конха е открита делва, която по всяка вероятност е служила за хранилище.
При проучването на църквата, във вътрешността ѝ, са разкрити два хоросанови пласта, които покривали някога изцяло стените. И върху двата пласта личали стенописи с фрескова техника. Фрагменти от стенописи са намерени и в насипа, който запълвал църквата. В гамата на цветовете по намерените фрагменти, е установена лилава, ясно червена, охро-кафява, ясно-жълта, зелена и черна боя. Всичко това говори, че вътрешността на храма е била изписвана на два пъти, първият слой стенописи вероятно е нанесен скоро след самото изграждане на църквата, а вторият при реконструкциите ѝ, каквато археологическото проучване на паметника констатира.
Освен голямото количество късове мазилка със стенописи, в насипа на църквата са намерени и: сребърен утвар с изящна апликация, керамична паница със спирална украса, късове от стъклени съдове, множество парчета от строителна керамика, както и няколко блока от градежа.
Типът на триконхалната крупнишка църква със стегнат кръст има многобройни представители по българските земи. Под влиянието на Атон този образец се е разпространил из целия Балкански полуостров. Подобни аналогии се срещат при съборните храмове на манастирите: „Св. Наум” край Охрид, Тетевенския, Трънския, Пещерския, Погановския и др. Различното при тукашната черква е, че много ясно се откроява кръстовидния план на сградата, използвани са свободни рамене, до които са долепени северната и южната конхи. Този план прави крупнишката църква уникална.
Датировката на църквата на църквата не се отличава от тази на други църкви от същия тип. Въз основа на архитектурните и художествените ѝ особености приблизително може да се постави създаването ѝ към XIV в., а продължителността ѝ на съществуване до втората половина на XVII в.
Днес епископската църква „Св. Троица” – някогашен катедрален храм на Крупнишката епископия е съвсем позабравена и тъне в забвение. След построяването на параклиса „Св. Троица” в нейна близост, като че ли на старинната църква се обръща все по-малко внимание.
Голяма част от сградата е затрупана с пръст и обрасла с растителност, дори почти целият ѝ притвор влиза в частен имот, парчето земя е заграбено от собственика! Подобаващо отношение към този паметник е той да бъде отново проучен, реставриран и консервиран.

Източници:
1. Станчев, Ст. – Триконхална църква в с. Крупник, сп. Археология, 1960 г.
2. Дремсизова-Нелчинова, Цв. - Археологически паметници в Благоевградски окръг, София, 1987 г.
3. Димова, Виолета-Църквите в България през XIII-XIV век., София, изд.АГАТО, 2008 г.
4. Костов, Крум – История на Крупник, от дълбока древност до наши дни, изд. ИБИС, 2009 г.