Неврокопска епархия има пет духовни околии: Благоевградска,Разложка,Гоцеделчевска,Санданска и Петричка.На територията на епархията има осем действащи манастира,като съществува и не малък брой недействащите,изоставените и запустели обители.
Град Гоце Делчев е център на Неврокопската епархия ,в него се намира и нейното седалище - сградата на Неврокопската митрополия.
Понастоящем надлежен архиерей на епархията е Неврокопски митрополит Серафим.
Някои изследователи твърдят, че още апостол Павел е посетил Никополис ад Нестум (Никопол на р. Места) през 51 г., на път от Солун и Филипи (до Кавала). При археологически изследвания в Неврокоп са намерени раннохристиянски паметници, части от базилики и др. Никополис ад Нестум изглежда е бил седалище на епископи, а епархията е била зависима от Цариградската патриаршия.
След провъзгласяването на Българската екзархия(1870 г.),през 1872 г. българите от неврокопския и мелнишки край единодушно избират поп Харитон за владика и го изпращат до Цариград ,където трябвало да бъде ръкоположен от Екзарха за архиерей на Неврокопска епархия. След продължително протакане обаче от османските власти, вместо в Неврокоп – поп Харитон е изпратен за архиерейски наместник в Берковица.
Едва през 1890 год. Абдул Хамид издава берати за откриването на Охридска и Скопска епархии. Благодарение на мъдростта и държавническия такт на блаженопочиналия Екзарх Йосиф и упоритостта на народа, през 1894 год. турското правителство издава два нови берата за откриването на Велешката и Неврокопската епархии.
Митрополит Иларион е първият български митрополит на Неврокопската епархия, избран и ръкоположен на 24 април 1894 год.
По това време Неврокопската епархия е съставена от три духовни околии-Неврокопска, Разложка и Горноджумайска като до издаването на берата последните две се числят към Самоковската епархия. Митрополит Иларион идва от Цариград за първи път в Неврокоп на 10 май 1894 година радушно посрещнат от цялото българско население.Той ръководи епархията 18 години и по здравословни причини подава оставка на 30 юни 1912 год., отива в родния си край Търновско, където умира на 5 март 1925 год.
След оставката на Митрополит Иларион управлението на епархията е възложено на свещеник Сава Попов,който тогава управлявал Мелнишката епархия.Той пристига в гр. Неврокоп в началото на месец септември 1912 год., а започва да управлява епархията от 23 септември същата година,след като митрополит Иларион напуска града и се прощава със всички.
След Балканската война,когато българските митрополити са изгонени от Македония, която по това време е завладяна от сърби и гърци, управлението на Епархията е възложено на Дебърския митрополит Козма-15 януари 1914 год.,когато той приема делата на епархията от свещеник Сава Попов.
От 1 юни 1915 год.за управляващ Неврокопската епархия е назначен Струмишки митрополит Герасим, който на 21 юни 1915 год. провежда канонически избор за нов Неврокопски митрополит.За такъв е избран архимандрит Макарий.Поради настъпилите събития обаче,- смъртта на негово Блаженство Екзарх Йосиф и общоевропейската война- новоизбрания митрополит бива утвърден за Неврокопски митрополит от Светия синод на 27 март 1916 год. и чак през месец юни с. Г. поема длъжността си.През1921 год. към Неврокопската епархия се присъединява и Петричката и Свети Врачката /бивша Мелнишка/ околия.
През 1921 год. седалището на Неврокопската епархия се премества от гр.Неврокоп в гр. Горна Джумая- до края на 1928 год., когато пак се връща в гр.Неврокоп. През месец май 1934 год. почива митрополит Макарий. Погребан е в гр. Неврокоп.
През 1935 год. за Неврокопски митрополит е избран Стобийски епископ Борис, който идва в гр.Неврокоп същата година и управлява до 8.10.1948год. По негово време митрополията бива отново преместена в гр. Горна Джумая за времето от 1941 –1945 год.
От 1945 година до 1951 година, митрополията пак е със седалище гр. Неврокоп. Митрополит по това време е Пимен. През 1951 год., когато е утвърден нов Устав на Българската Православна църква, Неврокопската епархия получава отново свое седалище - град Горна Джумая. Митрополит Пимен е начело на Неврокопската епархия до1992 год.
На 24.04.1994 г. "Крупнишки епископ" Натанаил е канонически утвърден за Неврокопски митрополит. След тежко и продължително боледуване той се преставя в Господа на 16.11.2013 г. На митрополитския престол се възкачва "Мелнишкия епископ" Серафим, тържествено въдворен в богоповерената му епархия на 24 януари 2014 г.
Източници:
1.Използвани са материали от официалния сайт на Неврокопска митрополия: http://mitropolia.hit.bg