Средновековната църква "Свети Йоан Кръстител" се намира в централната част на Стария Несебър.

В днешния си вид храмът е изграден през X  век. През 2013 г., при провеждане на спасителни археологически проучвания, във връзка с изпълняване на проект за реставрация на паметника, се установява, че средновековната църква е построена върху основите на късноантична трикорабна базилика от VI в. В първоначалният си план базиликата е имала една апсида, полукръгла отвън и отвътре. Впоследствие към южния и вероятно към северния кораб са долепени две малки полукръгли апсиди.
В архитектурно отношение средновековната църква също е трикорабна и има правоъгълен план с размери 14 x 10 м. В централната ѝ част са иззидани четири стълба, поддържащи купол. Градежът на сградата е от ломен камък и хоросанова спойка.
Църквата е типичен представител на прехода от скъсената базилика към кръстокуполната църква. Над центъра на наоса се извисява цилиндричен барабан, увенчан с полусферичен купол. На изток завършва с три полукръгли апсиди, а на запад няма притвор. От разположения в средата на западната стена вход се влиза направо в наоса. Западната, северната и южната фасади са раздвижени с по една висока сляпа арка.
Цялата вътрешност на църквата е била измазана и стенописана (на няколко пъти). От изображенията са запазени ктиторски портрет (XIV в.), разположен на южната стена, както и сцена с образа на Св. Марина (XVII в.), разположена върху северното лице на югозападната колона.

Днес храмът не е действащ, и както всички средновековни несебърски църкви, е превърнат в музеен обект. Във вътрешността му е поместена експозиция с икони от Несебър.
Понастоящем църквата се намира в добро състояние. През 2013 – 14 г. е реставрирана по проект с работно заглавие „Реставрация, консервация, социализация на църквите „Св. Йоан Кръстител“, „Св. Параскева“ и прилежащото пространство“. Проектът е финансиран с европейски средства по оперативна програма „Регионално развитие“ (общата му стойност е 1 643 230 лв, в това число собствен принос на община Несебър – 80 518 лв.). С въпросния проект е реализирана първата част от културно-историческия маршрут „Духовен път“, включващ участъка от „Св. Йоан Кръстител“ до църквите „Св. Параскева“ и „Св. архангели Михаил и Гавраил“.



Използвана литература:
1. Рашенов, Александър. Месемврийски църкви. София, 1932 г
2. Мавродинов, Никола - Външната украса на старобългарските църкви, ИАИ, т. VIII, 1934 г.