Църквата е разположена върху обширна тераса в градските гробища, в т.н. Горна махала на  град Бобошево . Малка, еднокорабна църква с полукръгла апсида и с анти. Дълга е 8 м. и широка 5 м. (външни размери). От лявата страна на апсидата се намира проскомидийната ниша, а в дясно - четвъртита, на диаконика. На северната страна има малка, полукръгла ниша - умивалня. Църквата е имала сводово покритие, което при реставрацията и е заменено със стреховидно. През XVIII век е прибавен закрит притвор, а през 1926-27 г. е изграден нов притвор с трапезария. Изградените от камък и хоросан стените на първоначалната църква са дебели 0,70 м.
Църквата е била изписана изцяло отвътре, а западната фасада - и отвън, съобразно установения канон. Съгласно получетливия ктиторски надпис на южната стена църквата е построена през 1590 или 1600 г. До 29 октомври 1862 г. тя е главна църква на селото и в нея се черкуват бобошевци и хора от съседните села. След построяването на голямата църква "Света Богородица", "Свети Атанасий" е превърната в гробищна църква.
Иконостасът на църквата е един от малкото напълно запазени от XVII в.(1656 г.),но за жалост частите му са разпръснати в различни музеи из страната.Простата му композиционна схема е типична за малките храмове през средновековието.Царските икони имат релефни орнаментирани рамки,резбените елементи са съставени от няколко мотива-плодове,розети,лалета,птици и др.Подобни монтирани детайли се срещат в иконостасите на църквите "Св.Св.Петър и Павел" (с. Мала църква), "Св.Петка" (с. Белчин) и др..,което подсказва,че те са дело на един и същ майстор или поне на творци от една школа.
Църквата е архитектурно- строителен паметник на културата от местно значение (ДВ, бр.77/1972 г.) и архитектурно-художествен паметник на културата с национално значение (ДВ, бр.38/1972 г.).
През есента на 2009 г. църквата е частично обновена (направена е външна изолация и боядисване, поставена е ПВЦ дограма) от местни ентусиасти. Ремонта е направен без съгласуване с НИПК - София и РИМ - Кюстендил, като е подменен автентичния външен облик на сградата!
Стенописите в църквата са в много лошо състояние, покрити с дебел слой сажди и прах, но за щастие, не са "реновирани" при ремонта, и очакват вещата намеса на специалисти-реставратори.

Използвана литература:
1.Кепов, Иван - Миналото и сегашно на Бобошево. С., 1935, с. 191
2.Дремсизова-Нелчинова, Цв., Л. Слокоска. Археологически паметници от Кюстендилски окръг. С., 1978, с. 13