Църквата се намира в сверното подножие на хълма Кракра, под Пернишката крепост, в местността "Св. Спас".
Тук през последните няколко години на площ от 400 кв. м. са проведени археологически разкопки с ръководител Василка Паунова - археолог на Регионалния исторически музей в Перник. Откритията се оказали изненадващи:
В продължение на хилядолетия три църкви са надграждани една над друга. Най-ранната е от VI век. Върху руините през ХIV век местните хора вдигат нова църква, а края на ХІХ и началото на ХХ век на това място има параклис с името „Св. Спас”. Два пъти базиликата в местността "Свети Спас" е разрушавана от земетресения. Първото в края на VI век е било едно от най-разрушителните по нашите земи и е направило поразии чак до Гърция.
Според Василка Паунова, подобна църква най-близко може да бъде видяна в Константинопол. Храмът е от сирийския тип градеж. Базиликата е куполна, но не е с разчупен план като другите църкви от ранното християнство и Средновековието. Има обща зала без отделни олтарни пространства. Такъв градеж е бил характерен само за Източните провинции на Римската империя. В най-ранната черква е открит прабългарски знак, който засега не може да бъде разчетен.
При нашествието на авари, славяни и прабългари през VI век е било опожарено селището, което се е намирало на хълма. Те са превърнали християнския храм в свое езическо светилище. Олтарната маса е била преместена по езически обичай в средата на църквата, където се намира и днес. Тя е изработена от добре издялан варовичен камък, което говори, че е от светилище от по-ранен период.
През Средновековието и възрожденския период църквата е носела името "Възнесение Господне". Местните нарекли това място Свети Спас.
Заради уникалността на църквата и много находки в района, специалисти определят местността под "Кракра" като пернишкия Перперикон.
Работата по възстановяването на църквата и на комплекса „Св. Спас” ще бъде продължена по проект на Община Перник.

Източници:
Василка Паунова - археолог на Регионалния исторически музей - гр. Перник