Базилика №2, известна още като Базиликата на  епископ Йоан, се намира в центъра на гр. Сандански. Част от нея е експонирана в приземния етаж на Археологическия музей.

История:
Старинната църква е разкрита през 1960 г. от екип с ръководител Теофил Иванов. Тъй като терена над базиликата е изцяло застроен със сгради, е била разкопана само западната ѝ част, а източната ѝ половина е останала под платното на съвременната главна градска улица. Впоследствие базиликата служи за основа при изграждането на днешния археологически музей.
От проведените през 1982 г. разкопки в екзонартекса (външното предверие) на базиликата се е установило, че тя представлява третият, най-горен пласт от трислойно културно напластяване. Църквата е била изградена върху римска перистилна сграда от II-IV в., чийто градеж е от камъни с бял хоросан. Най-долната архитектурна структура, под римската, е разкрита на 1,10 м дълбочина под мозаечния под на базиликата и е със зидове от камъни със суха спойка, което отнася датировката ѝ към тракийския период.
В църквата е разкрит мозаечен надпис на гръцки език, благодарение на който базиликата е датирана към VI в. , а също така от него се разбира и кой е бил нейният ктитор (строител) – епископ Йоан. Този надпис е единственият мозаечен по българските земи, с изключение на надписа от базиликата в Сторгозия (м. „Кайлъка“, Плевен).
Базилика №2 е обявена за архитектурно-строителен паметник на културата с национално значение.

Архитектура и изкуство:
В архитектурно отношение Базиликата на епископ Йоан представлява комплекс от трикорабна църковна сграда с нартекс и екзонартекс, двор и странични помещения, долепени до наоса и нартекса.
Дворът е ограден с каменна ограда, която е долепена на фуга до църквата. В каменната пътека, водеща към екзонартекса, е вградена вторично употребена мраморна надгробна плоча с гръцки надпис, който е датиран точно – 152 г. сл. Хр.
Екзонартексът е бил органично свързан с базиликата. Неговата западна стена представлява мраморна колонада от 5 колони, като е фланкирана от помещения, градени от грубо дялани камъни. В североизточния ъгъл на екзонартекса е изградена ниска пейка за сядане на богомолците. Нартексът е по-широк от екзонартекса, а дължината на двата кореспондира на ширината на самия наос. Корабите на последния били разделени помежду си с колонади,  стъпили на общи стилобати.
Основите на базиликата са изградени от речни и грубо издялани камъни, споени с бял хоросан. Широките 0,70 м стени са носели дървено покритие. Страниците на всички отвори са иззидани от тухли. Отвън и отвътре стените са били измазани с груба мазилка.
Подовете са настлани с мозайки направо върху земята, без подложка. Великолепни мозаечни пана са покривали пода на централния кораб и екзонартекса, голяма част от които сега са експонирани. Многоцветните мозайки са изпълнени в стил "опус вермикулатум" и "опус тесалатум", като са използвани растителни, зооморфни (риби и птици) и геометрични мотиви. В средата на централната композиция на екзонартекса е разкрит мозаечният осемредов надпис на гръцки език. Югозападното помещение до екзонартекса също е покрито с мозаечен под. Нартексът на църквата е имал тухлен под.
При разкопките на базиликата са разкрити богати архитектурни детайли, въпреки че е била отдавна ограбена заради мраморния си материал и мозайки. Тук са намерени кампфер-капители от колонадите, колонки от прозорците, мраморни бази, коринтски капител, мраморни олтарни плочи, култови маси и други материали.
Базиликата е датирана от проучвателите ѝ към първата половина на VI в. и навярно е била разрушена в последната четвърт на VI в. Други изследователи (В. Попова) я отнасят към средата на V в.


Източници:
1. Иванов, Т.; Серафимова, Д.; Николов, Н. Разкопки в центъра на Сандански през 1960 г. - ИАИ, т. 31, 1969 г., 105-209.
2. Иванов, Т.; Узунов, Г. - Сондажни проучвания в екзонартекса на християнска базилика под Градския исторически музей – Сандански. - АОР, 1982 г., Плевен, 1983 г., с. 64.
3. Нели Чанева-Дечевска. Ранно-Християнската архитектура в България ІV-VІ в., София, 1999 г., с. 310-312.