Средновековният манастир „Св. Николай Чудотворец” се намира между  и в непосредствена близост до южната порта на Стария Созопол и църквата „Св. Св. Кирил и Методий”.
Манастирът е открит случайно в началото на октомври 2011 г. по време на археологически разкопки край южната крепостна стена. Впоследствие се установява, че на това място е кипял духовен живот още от зората на християнството. Манастирската църква – тип трикорабна базилика, е била изградена през средновековието върху еднокорабен раннохристиянски храм от V-VI в.
Направеното археологическо проучване на паметника и намерените в и около него артефакти дават много сведения за миналото на старинния манастир. Разкритите три императорски печата - на Василий II Българоубиец, на Теодора и още един, подсказват че тази църква в Созопол е била под покровителството на византийските императори. Оловните императорски печати обикновено скрепяват дарствени грамоти, чрез които се дават пари за възстановяване на манастири или големи поземлени имоти. Особен интерес представлява отлично запазеният оловен печат на византийската императрица Теодора, която  е управлявала еднолично империята от 11 януари 1055 до 31 август 1056 г. Според Божидар Димитров, има голяма вероятност  Теодора да е била заточена именно в този манастир, след като властолюбивата ѝ сестра и съимпериатрица Зоя през юни 1042 г. я обвинява в близки любовни отношения с последния български цар Пресиан II и я праща на заточение. Известно е, че богатият търговски град Созополис, с многобройните манастири около него, точно в ХI век е място за заточение. Там са пращани видни личности, източници съобщават, че там са заточени Лъв, епископ на Халкедон, и Соломон, съветник в императорския двор.
Друго голямо откритие от излезлия от забравата манастир, доказващо както неговата значимост, така и неговия патрон, е разкритата през 2012 г. в централната част на църквата мощехранителница  с миро на Свети Николай Мирликийски.  Тя представлява глинено гърненце с капаче и е намерено в малка тухлена ниша. Това са характерни елементи за раннохристиянската епоха. В миниатюрния съд имало емулсия и прах. Смята се, че самата емулсия е миро от светеца Николай Чудотворец. Първоначалните данни сочат, че тя е от периода VІ-VІІ век., но според данните на  средновековните хроникьори, през 1070 год. първият епископ на Деултум и Аполония - Публий Елий Авел е донесъл по тези земи свещената реликва. Така съмненията, че Св. Николай е бил покровител на манастира биват до голяма степен опровергани. Тезата е съвсем приемлива и логична, тъй като светецът е считан за покровител на рибари и моряци от незапомнени времена. Нормално е  един храм, който е построен за тях, в близост до брега и пристанището, да носи името на техния покровител. Показателен е случаят, когато след откриването на мощите, във водите край Созопол са появяват отново паламудът, турукът и чернокопът, които били изчезнали от десетилетия.
Други сведения за манастира черпим от  архивните документи. В грамота на Вселенския патриарх Йеремия II от 1579 г. манастир в Созопол "Св. Николай Чудотворец" се присъжда заедно с имотите си на манастира "Св. Иван Предтеча", пак в Созопол. Гръцкият историк Ламброс Камберидис в книга, излязла в Солун през 1993 г., предполага, че този манастир е различен от манастира "Св. Николай Помощник на бедните" в гр. Черноморец (за сега неизвестен). Камберидис също изтъква, че е невъзможно в документ, засягащ имоти, да се сбърка името на манастира, тъй като документът става невалиден.
До сега все още няма сведения, доказващи категорично до кога е функционирал манастирът  „Св. Николай”,  но има голяма вероятност да го е сплетяла същата участ, както на другите созополски манастири, които в началото на XVII в. биват разсипани от османските завоеватели.
Свещеността на мястото, където е разположен манастирът, се потвърждава и от разкрития некропол, възникнал край първоначалната раннохристиянска църква,  съществувал и по-късно, около манастирския храм. Множеството погребални структури са датирани от раннохристиянския период (V в.) до началото на XVII век.
Интересно е, че заедно с християнския некропол, който е вкопан в по-ранния античен план на Аполония Понтийска, е открита и информация, свързана с активен икономически живот на този град във VII-VI в. Пр. Хр. Тук попада разкритата уникална  пещ за изработване на фина керамика, която според специалистите е единствената на север от о. Тасос, Гърция. При проучването се е установило, че през времето на ранното християнство, тя е била пробита с християнски гробове. Дори са се опитали да я използват като една своеобразна гробница, доказателство за което са останките от две погребения, открити в нея и датирани към V век.



Източници:
1. Божидар Димитров. История на Созопол. изд. "Жанет 45", 2009.
2. Lampros Kamperides - The Greek monasteries of Sozopolis: XIV-XVII centuries (Institute for Balkan Studies), Thessaloniki, 1993.